QUARTA VAGA E NOVA VARIANTE INDIANA DELTA

Quarta vaga e novas variantes Delta, Alpha e outras estirpes e mutações perigosas do coronavírus SARS-CoV-2 toda a verdade! Variante Indiana ou Delta, variante do Reino Unido ou Alpha, variante da África do Sul ou Beta, Variante do Brasil ou Gamma, variante da Califórnia, afinal qual o perigo das mutações destas variantes? As vacinas serão eficazes contra estas novas estirpes? Será esta já a quarta vaga?

Investigadores anunciaram em Dezembro de 2020, que uma nova estirpe preocupante do coronavírus foi detetada na cidade amazónica de Manaus, Brasil, durante um aumento terrível de novos casos de COVID-19 na área. O ataque de infeções levou ao colapso do sistema de saúde local pela segunda vez durante a pandemia. A cidade foi atingida de forma brutal pela primeira onda em março de 2020, e alguns especialistas acreditavam que a população tinha atingido um nível de imunidade de rebanho no outono… mas algo estranho se passou e continua a passar com as novas mutações!

Os cientistas estão agora a tentar determinar qual o papel das variantes mais recentes do coronavírus tais como a Indiana ou Delta e a Brasileira P.1 ou Gamma que têm diversas mutações de interesse importantes que podem dar as seguintes características perigosas às novas estirpes:

Mais transmissíveis;
Mais capazes de reinfectar sobreviventes de COVID-19;
Tornar as vacinas menos eficazes;
Provocar uma nova onda de infetados.

Neste artigo vou falar sobre as seguintes variantes:

Variante Indiana ou Delta
Variante de Manaus no Brasil u Gamma
Variante do Reino Unido ou Alpha
Variante da África do Sul ou Beta
Variante de Nova York
Variante da Califórnia
Variante do Rio de Janeiro no Brasil
Mutação Nelly N501Y
Mutação Erik E484K
Mutação K417 um mistério
Porque são tão preocupantes para os cientistas?

Estrutura do SARS-CoV-2

O SARS-CoV-2, pertencente ao subgénero do Sarbecovirus, é um vírus com envelope esférico com tamanho de vírion de 70-90 nm (nanômetros). É um vírus de RNA de fita simples com sentido positivo. O genoma consiste em 29.903 nucleotídeos e 11 regiões de estrutura de leitura aberta (ORF – Open Reading Frame) e codifica proteínas estruturais, proteínas não estruturais (nsp1-16) e proteínas acessórias (ORF3a, ORF6, ORF7a e ORF7b, ORF8, ORF10).

Existem quatro proteínas estruturais:

Espícula (S – Spike),
Envelope (E ),
Membrana (M),
Nucleocapsídeo (N).

Juntas, as proteínas S, E e M formam o envelope viral. As proteínas M e E são essenciais para a morfologia do vírus, empacotamento e separação celular. A glicoproteína S consiste em 3.822 nucleotídeos responsáveis pela fixação e fusão do vírus à membrana da célula hospedeira. As proteínas não estruturais estão envolvidas na replicação-transcrição e na formação de vesículas, enquanto as proteínas acessórias neutralizam os mecanismos naturais de defesa do hospedeiro

Estirpes ou variantes e mutações mais relevantes

Na tabela seguinte descrevo as novas variantes mais perigosas e suas mutações mais relevantes comparadas com a estirpe até agora predominante que era a D614G. Algumas mutações tornaram-se já tão relevantes e perigosas que os cientistas começaram a dar-lhes alcunhas tais como:

N501Y apelidada de Nelly
E484K apelidada de Erik

Variante ou Estirpe	Origem e Data	Mutações mais perigosas	Virulência Contágio Mortalidade
D614G	Europa, Fev 2020	D614G	Estirpe dominante a nível global até Jan 2021.
B.1.1.7 (Alpha)	Reino Unido Dez 2020	N501Y	Estima-se 50% a 70% mais contagiosa e 30% mais mortal que D614G.
P.1 ou B.1.1.28 (Gamma)	Brasil (Manaus) Dez 2020	N501Y E484K K417	Estima-se mais contagiosa e provavelmente mais mortal que D614G.
B.1.351 ou 501.V2 ou N501Y.V2 (Beta)	África do Sul Dez 2020	N501Y E484K K417	Estima-se mais contagiosa e provavelmente mais mortal que D614G.
P.2	Brasil (Rio de Janeiro)	E484K	Considerada para já não preocupante.
CAL.20C ou B.1.429	Califórnia EUA	L452R	Mais contagiosa e com efeito bloqueador dos anticorpos
B.1.526	Nova Iorque EUA	E484K S477N D253G A701V	Mais resistente aos anticorpos humanos e maior poder de ligação da proteína Spike
B.1.617.2 (Delta)	Índia	P681R L452R T478K	60% mais transmissível que a Alpha, mais contagiosa e com efeito bloqueador dos anticorpos

Fonte: https://cov-lineages.org/

Variante da Índia B.1.617.2 ou Delta

No Reino Unido 75% das novas infeções de covid-19 são provocados pela nova variante da Índia. Estes números estão a alarmar a comunidade científica, alertando para a possibilidade do país estar já no estágio inicial de uma quarta vaga do SARS-CoV-2.

A variante Indiana denominada B.1.617.2, na nova nomenclatura decidida pela Organização Mundial de Saúde, que adotará letras do alfabeto grego para as mutações, de modo a evitar estigmas ou reações xenófobas, vai passar a designar-se, como “variante delta”.

Serão as vacinas eficazes contra a variante Delta?

Provavelmente algumas vacinas terão uma eficácia baixa… e vamos saber rapidamente dentro de poucas semanas pois existem já cidades como Lisboa com um forte crescimento da variante Delta. Segundo Deepti Gurdasani, epidemiologista e investigadora da Queen Mary University of London, a variante B.1.617.2 ou delta é altamente transmissível e com uma capacidade significativa de fugir às vacinas, especialmente após uma única dose, e leva a um aumento exponencial de casos em muitas áreas.

A variante B.1.617.2 ou delta é provavelmente a mais perigosa até agora detetada pois, segundo relatório do CDC (Centers for Disease Control and Prevention), tem 10 mutações de interesse na espícula (Spike) do SARS-CoV-2, a saber:

Spike: T19R, (G142D), 156del, 157del, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N

Algumas das proteínas da espícula são precisamente utilizadas na produção das vacinas que estão a ser administradas à população.

Assim quanto mais novas proteínas mutantes com interesse forem surgindo menor será a eficácia das vacinas contra estas novas estirpes. No entanto, apesar deste risco, quem não tiver qualquer vacinação terá maior probabilidade de desenvolver sintomas graves de Covid-19 do que as pessoas já vacinadas.

Leia também: Estas são as melhores vacinas mas também têm perigos!

Quarta vaga!

Será possível surgir ainda uma quarta vaga? Obviamente que sim e, segundo os especialistas, infelizmente já está a acontecer em Portugal na zona de Lisboa…embora não seja de todo espectável a gravidade da 3ª vaga, em termos de internamentos com doença grave, pois o grau de imunidade tem vindo sempre a aumentar e nos países mais avançados com a vacinação esse risco será menor. Por ouro lado quem contrai a doença também desenvolve anticorpos neutralizantes contra o coronavírus que mantêm alguma eficácia durante alguns meses, ganhando tempo até ser possível aplicar a vacina para reforço dessa imunidade.

No entanto as diversas mutações de interesse no SARS-CoV-2 que vão surgindo por todo o mundo aumentam o risco de nova infeção descontrolada nos países mais atrasados na vacinação.

Outro pilar importante nesta análise sobre a 4ª vaga é a verdadeira eficácia das vacinas e quanto tempo ficamos com anticorpos neutralizantes suficientes para nos proteger? Essa é uma resposta que só o tempo dará! Estima-se que seja necessário reforço da vacina quase anualmente tal como acontece na vacina antigripal.

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Variante do Brasil P.1

De seguida descrevo o que sabemos sobre a variante P.1 e porquê os cientistas em todo o mundo estão preocupados com as mutações detetadas em simultâneo nesta estirpe.

Estirpe P.1 ou B.1.1.28 ou Gamma Manaus Brasil

A variante P.1 foi detetada pela primeira vez em amostras de Manaus, no estado do Amazonas, no norte do Brasil, em meados de dezembro de 2020. Os pesquisadores que o descobriram publicaram as suas descobertas em 12 de janeiro de 2021, observando que detetaram a estirpe em 42% das amostras testadas e que também havia sido detetada em alguns casos recentes de coronavírus no Japão entre pessoas que viajaram para Manaus.

Não está claro exatamente quando a variante evoluiu, mas os pesquisadores notaram que ela não estava presente nas amostras de vigilância do genoma disponíveis publicamente que foram coletadas em Manaus entre março e novembro de 2020.

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Um trabalho dirigido pela Professora Ester e divulgado na revista Science mostra que, em junho de 2020, um mês após o pico epidémico em Manaus, 44% da população tinha imunoglobulina G (IgG) contra o SARS-CoV-2 detetável no sangue. Corrigindo para os casos sem resposta imunológica detetável e para aqueles com diminuição de anticorpos, os autores estimaram ainda uma taxa de ataque maior (66%), subindo para 76% em outubro.

A razão pela qual os pesquisadores começaram a sequenciar as amostras de Manaus foi porque queriam investigar porque havia um ressurgimento surpreendente do coronavírus na cidade, depois desse estudo ter estimado que até 76 por cento da população já havia sido infetada com COVID-19 , o que teoricamente inferiria um alto nível de imunidade entre os seus habitantes.

Os pesquisadores descobriram que a estirpe P.1 “contém uma constelação única de mutações definidoras de linhagem” que podem ser “potencialmente associadas a um aumento na transmissibilidade ou propensão para reinfeção de indivíduos.”

Perigo da nova estirpe de coronavírus

Porque estão muito preocupados os cientistas? Como os vírus estão em constante evolução, novas variantes genéticas com várias mutações aparecem constantemente. Os especialistas em doenças infeciosas ficam preocupados com aqueles que desenvolveram mutações que os tornam:

Mais dominantes e/ou perigosos porque se tornam mais transmissíveis ou seja mais fáceis de espalhar e contagiar;
Mais virulentos ou seja causando uma doença mais grave;
Mais capazes de evitar anticorpos gerados por infeções anteriores, vacinas ou tratamentos u seja mais resistentes aos medicamentos.

Desde junho de 2020, a variante dominante do SARS-CoV-2 (o vírus que causa a doença COVID-19), em todo o mundo tem sido a D614G, que de alguma forma foi capaz de vencer os seus predecessores genéticos. Recentemente, variantes mais evoluídas começaram a dominar em partes do mundo, sendo a mais notória a estirpe B.1.1.7, que surgiu no Reino Unido e é considerada muito mais infeciosa do que a D614G, ao ponto de o CDC (Centers for Disease Control and Prevention) alertar e prever que será a variante dominante nos EUA em março de 2021.

Variante P.1 do Brasil porque é tão preocupante?

A variante P.1 (também conhecida como B.1.1.28) preocupa os cientistas por alguns motivos, começando por pelo facto de ter duas mutações notáveis que podem torná-la mais perigosa.

Fonte: https://virological.org/t/genomic-characterisation-of-an-emergent-sars-cov-2-lineage-in-manaus-preliminary-findings/586

Mutação N501Y (Nelly) aumenta transmissão

Primeiro, ela tem uma mutação na proteína da espícula (protein spike) que se liga ás células humanas e que pode tornar a variante mais infeciosa.

Esta mutação, conhecida como N501Y (ou “Nelly”), também está presente na variante B.1.1.7, que está a espalhar-se rapidamente no Reino Unido, bem como na B.1.351 (também conhecida como 501.V2 ou N501Y. V2) variante que surgiu na África do Sul. A mutação permite que as proteínas da espícula do vírus se liguem mais facilmente às células humanas, o que pode torná-lo mais infecioso. A pesquisa sugeriu que a variante B.1.1.7 pode ser pelo menos 50 por cento mais transmissível do que as estirpes dominantes anteriormente, razão pela qual os cientistas e as entidades saúde pública estão tão preocupados.

Uma pesquisa brasileira divulgada no início de janeiro analisou a troca de aminoácidos que poderia causar esse efeito de maior facilidade da infeção pelo vírus. Assim onde estava a asparagina (N) no RNA do coronavírus original de Wuhan, na versão do Reino Unido, agora existe a tirosina (Y). Os autores explicaram que o “N fazia duas ligações” e, agora, o “Y faz muito mais”, trazendo mais aderência ao recetor humano.

Mutação E484K (Erik) resiste aos anticorpos

A variante P.1 também tem uma “mutação de escape” conhecida como E484K, que também existe na variante B.1.351 da África do Sul e que, em experiências de laboratório, ajudou o coronavírus a evitar anticorpos protetores gerados por infeções anteriores assim como torna-lo menos suscetível a medicamentos constituídos por anticorpos.

A mutação E484K está assim relacionada com um possível enfraquecimento da ação dos anticorpos humanos. Com a nova sequência de RNA, é atingida a região da proteína Spike onde precisamente atuam os anticorpos neutralizantes produzidos pelo sistema imunológico.

Por outras palavras, é possível que alguém que já foi infetado com uma estirpe anterior do coronavírus possa ser reinfectado por uma variante com esta mutação e que a mutação possa permitir que o coronavírus evite os anticorpos gerados pelas vacinas COVID.

O microbiólogo Ravi Gupta, da Universidade de Cambridge (Reino Unido), criou no seu laboratório um pseudovírus com as mutações características da variante britânica, mais a E484K. Os resultados preliminares, sugerem que a mutação Erik aumenta a resistência do vírus aos anticorpos do plasma sanguíneo doado por pessoas que já receberam a vacina da Pfizer.

Para ficar claro, isso não significa que as vacinas de coronavírus atualmente disponíveis não funcionarão contra variantes com a mutação E484K. Mesmo que a mutação torne, de alguma forma, as vacinas atuais menos eficazes, embora ainda não seja claro, os especialistas no assunto estão em geral otimistas de que as vacinas ainda oferecerão proteção contra estirpes com o Mutação E484K.

O biólogo Iñaki Comas recorda que as defesas humanas não consistem apenas nos anticorpos. Outro componente essencial da reação imunológica são os linfócitos T ou seja um grupo de glóbulos brancos capazes de destruir as células infetadas pelo coronavírus. Uma maior resistência aos anticorpos não implica necessariamente que o vírus escape ao exército defensivo do corpo humano.

Mais pesquisas são necessárias, mas por enquanto parece que o pior cenário seria que as vacinas ainda evitassem doenças graves das variantes, mas poderiam ser menos eficazes na prevenção de uma infeção leve ou assintomática.

As vacinas também podem e serão atualizadas para compensar esta e outras mutações ao longo do tempo.

Mutação K417 um mistério!

P.1 e a variante B.1.351 também compartilham outra mutação, K417, mas pouco se sabe sobre como isso beneficia o vírus. Os cientistas continuam “curiosos” em descobrir qual será a vantagem que a K417 oferece ao vírus sendo que é provável que também ajude o vírus a sobreviver ou transmitir-se de forma mais eficaz!

Mutações simultâneas em países diferentes

Quando variantes preocupantes evoluem com as mesmas mutações vantajosas em locais geograficamente distintos separados ao mesmo tempo, isso sugere que essas mutações são saltos evolutivos significativos para o vírus. Mas também não está claro se essas mutações e os seus efeitos estão ligados a outras mutações nas variantes de formas que os cientistas ainda não entendem.

Como Kai Kupferschmidt da Science apontou recentemente, pode ser que uma mutação como N501Y, aquela ligada a uma maior transmissibilidade, só seja útil para o coronavírus quando ocorre em combinação com uma ou mais mutações. Mais pesquisas são necessárias, e estão em andamento, para investigar as várias mutações em ação em cada uma das novas estirpes subitamente dominantes.

Segundo obeserva Sarah Zhang no The Atlantic, ainda é cedo e os dados sobre a variante no Brasil são particularmente escassos. Além de compartilhar certas mutações, essas variantes simplesmente têm um grande número de mutações, algumas únicas para cada variante. Ganhar um conjunto completo de mutações rapidamente deve ser um evento muito incomum. Mas com o vírus tão disseminado agora, eventos muito incomuns acontecerão e, certamente, mais de uma vez. A taxa usual de 2 mutações por mês pode subestimar a capacidade do coronavírus para sofrer mais mutações em situações incomuns. “É um pouco como um alerta”, afirma Kristian Andersen, microbiologista da Scripps Research.

Reinfeção pela variante P.1 é possível?

Isso ainda precisa de ser determinado. Até o momento, só houve um caso confirmado acontecendo em Manaus, e os casos de reinfeção por qualquer variante permanecem muito raros. Mas há muito que os cientistas ainda não sabem sobre a variante P.1, incluindo a sua capacidade de reinfectar sobreviventes de COVID.

Variante P.1 onde já foi detetada?

Até ao momento, a variante P.1 COVID só foi detetada no Brasil e em alguns casos no Japão entre pessoas que viajaram para Manaus. Ainda não há evidências de transmissão comunitária da variante em qualquer outro país que não o Brasil.

Dito isso, é possível, senão provável, que P.1 já tenha se espalhado para fora do Brasil sem ser detetado. Todas as estirpes do coronavírus que se tornaram dominantes em algum lugar do mundo, como o P.1 no Amazonas, acabaram por se espalhar para outros países.

Mapa de países com a P.1 já detetada

Mapa de países com a estirpe P.1 já detetada. Relatório de 22.01.2021. Fonte: https://cov-lineages.org/global_report_P.1.html

Embora a variante P.1 não tenha sido detetada no Reino Unido, um dos principais epidemiologistas do país afirmou que é provável que já esteja presente.

Variante B.1.1.7 Reino Unido

Esta estirpe B.1.1.7 está a “devastar” o Reino Unido e diversos países pois as mutações que apresenta, já descritas neste artigo, tornaram-na cerca de 50% a 70% mais contagiosa e 30% mais mortal. Descrevo de seguida o mapa dos países afetados em 22.01.2021.

Fonte: https://cov-lineages.org/global_report_B.1.1.7.html

Variante P.2 do Rio de Janeiro

Outra variante do coronavírus, denominada P.2, parece ter-se espalhado no estado do Rio de Janeiro, Brasil. Embora carregue a “mutação de escape” E484K, até agora os cientistas não consideraram a estirpe uma variante de preocupação.

Variante de Nova Iorque B.1.526

A variante de Nova Iorque tem um conjunto de mutações que afetam a proteína spike e permitem ao vírus ligar-se melhor às células humanas e escapar aos anticorpos gerados pelas vacinas existentes. A nova variante do coronavírus em Nova Iorque, a B.1.526, que terá sido detetada pela primeira vez em novembro.

Há duas versões da variante de SARS-CoV-2 que os investigadores da Caltech (Instituto de Tecnologia da Califórnia) incluem na designação de B.1.526:

Mutação E484K, que ajuda o vírus a escapar aos anticorpos e já foi identificada na variante sul-africana (B.1.351) e na variante brasileira (P.1 ou B.1.1.248);
Mutação S477N, que pode afetar a força da ligação entre o vírus e as células humanas.

Outras mutações de interesse encontradas nesta nova variante de Nova Iorque são:

Mutação D253G, que permite escapar aos anticorpos gerados contra uma parte específica da proteína spike (a região N-terminal);
Mutação A701V que também está presente na variante sul-africana.

A grande preocupação é que estas mutações tornem as vacinas atuais contra a Covid-19 menos eficazes.

No estudo da Caltech é sublinhado que o conjunto de mutações mais comuns que afetam a proteína spike nesta nova linhagem (agora designada B.1.526) são L5F, T95I, D253G, E484K ou S477N, D614G e A701V. Esta linhagem apareceu no final de novembro de 2020 e representa cerca de 25% dos genomas de coronavírus sequenciados e registados em Nova Iorque em fevereiro de 2021.

Artigo da Caltech em pré-publicação: SARS-CoV-2 lineage B.1.526 emerging in the New York region detected by software utility created to query the spike mutational landscape.

A Universidade Columbia, em Nova Iorque, por sua vez, sequenciou 1.142 amostras de doentes do centro médico da universidade e verificou que 12% das pessoas, com várias origens na área metropolitana, tinham uma variante com a mutação Erik (E484K). Além disso, encontraram seis casos da variante britânica, dois da variante brasileira e um da variante sul-africana. Foi a primeira vez que Nova Iorque identificou casos destas duas últimas variantes, que têm ambas a mutação Erik.

Michel Nussenzweig, imunologista na Universidade de Rockefeller, não esteve envolvido nos estudos, mas confessa-se mais preocupado com esta nova variante em Nova Iorque do que a que se tem espalhado rapidamente na Califórnia (CAL.20C ou B.1.429).

O que acontece depois?

Estudos estão em andamento para compreender a transmissibilidade e a gravidade das variantes recém-descobertas do SARS-CoV-2, bem o como seu impacto potencial nas vacinas.

Segundo o Dr. Trevor Bedford, virologista e professor associado da Universidade de Washington, após aproximadamente 10 meses de relativa inatividade, começamos a ver uma evolução notável do SARS-CoV-2 com um padrão evolutivo repetido nas variantes do SARS-CoV-2 de preocupação emergentes do Reino Unido, África do Sul e Brasil.

Ainda segundo o Dr. Trevor Bedford, que também trabalha com a Divisão de Vacinas e Doenças Infeciosas de Fred Hutch, alertou para o facto de termos observado três variantes preocupantes a surgir desde setembro de 2020 o que pode significar que provavelmente há mais por vir!

Concluindo

O coronavírus SARS-CoV-2 é obviamente o maior desafio enfrentado pela humanidade nos últimos 100 anos quer em termos sanitários quer em termos económicos… é uma verdadeira desgraça! As suas mutações são frequentes e embora a esmagadora maioria não cause preocupação basta uma ou duas mais virulentas para baralhar tudo outra vez… por exemplo alguma que torne as vacinas já existentes pouco eficazes e permita a reinfeção dos ex infetados!

No entanto convém nunca esquecer que em 2021 temos armas poderosas em ambas as frentes para combater esta “guerra”. Nunca na história da humanidade tivemos tantos medicamentos e tão poderosos. Os anticorpos monoclonais são um dos exemplos que nos trazem mais esperança e as novas vacinas de RNAm podem facilmente adaptar a produção a eventuais novas estirpes mais virulentas.

O que podemos fazer?

Mas nós próprios também podemos proteger-nos muito melhor e fortalecer o nosso sistema imunitário, fazendo uma alimentação adequada sem exageros quer no consumo de carne quer de vegetais (apesar da moda!), eliminando todos os alimentos processados (principalmente hidratos de carbono), comendo poucas vezes por dia e fazendo diariamente 12 a 16 horas de jejum, obviamente podendo beber água ou chá (sem açúcar) durante o dia para ajudar a controlar eventuais “desejos alimentares”. Dormir bem e controlar a ansiedade são também dois pilares essenciais para um sistema imunitário muito forte!